Les colonisateurs espagnols arrivèrent dans cette région approximativement en 1500, y trouvant les tribus indigènes Chibchas (ou Muiscas) et les Taironas, lesquelles furent décimées et conquises. Les Espagnols y ont construit diverses colonies. Plus tard, elles furent converties en provinces fondant La Nouvelle Grenade comme centre au tout début et, à partir de 1717, comme vice-royauté. Cette vice-royauté incluait diverses provinces qui avaient appartenu jusqu'à ce moment à la juridiction des vice-royautés de la Nouvelle Espagne et du Pérou. Le mouvement indépendantiste débuta en 1810, en grande partie mené par Simón Bolívar (voir photo) et Francisco de Paula Santander, et connut un succès en 1819. Le territoire qui était alors connu comme étant la vice-royauté de la Nouvelle Grenadine, se convertit en République Fédérale de la Grande Colombie suite à la Bataille de Boyacá (7 août 1819).
Les divisions de pouvoirs internes conduisirent en 1830 à la séparation des départements qui composaient la Grande Colombie soit : Le Venezuela, l'Équateur et la Colombie. À la suite de cette séparation, Cundinamarca prit le nom de Nouvelle Grenade jusqu'en 1886 où il prit le nom actuel soit, la République de Colombie. Les divisions internes demeurèrent, déclenchant une guerre civile qui entre autres causes mena à la sécession de Panamá en 1903, sous l'ingérence des États-Unis.
La Colombie continue de voir l'affrontement depuis les années 1960 entre des groupes armés tels que les Forces armées révolutionnaires de Colombie (FARC), l'Armée de libération nationale (ELN - acronyme en espagnol), et depuis les dernières années les Autodéfenses unies de Colombie (AUC), et l'armée régulière. Le trafic de stupéfiants est aussi une source de problèmes en Colombie.
